慢性直肠炎的治疗恢复时间有个体差异，病情轻重程度不同，时间长短不一样。
病情比较轻的治疗恢复时间比较短，在1~2个月左右。病情比较重而且伴有萎缩改变者，治疗恢复的时间会比较长，可能需要3~6个月以上。而且慢性直肠炎病情容易反复，甚至会造成直肠息肉异常增生、肠道狭窄、肿瘤等。治疗恢复时间可能会更长，需要数年症状才能慢慢好转，有些还需要进行手术治疗才能改善病情。
由于该病和感染、自身免疫、精神紧张等多种因素有关，所以要积极避免诱发因素，减少复发几率。