森林脑膜炎的潜伏期通常为10-15天，最短的情况可能仅仅为2天，当然也有患者其潜伏期可长达1个月左右。
森林脑膜炎的前驱期一般在几个小时到3天左右，主要表现为身体乏力、头晕、四肢酸痛等。也有少数患者和特别严重的患者，前驱期并不明显，大部分患者为急性起病，也就是突然起病，没有任何疾病征兆。
急性期的病程通常为2-3周，在刚起病时主要表现为高热，2-3天为高热的高峰期，大部分患者高热持续5-10天。然后逐渐呈现出阶梯性的下降趋势，经过2-3天一般可下降至正常。