一部分肝囊肿可以自行消失，还有一部分肝囊肿需要通过药物控制或手术治疗。肝囊肿的病因各不相同，目前已知的发病原因中，包括先天性的胆管发育异常所致的肝囊肿、炎症和创伤引起的肝囊肿、肝包虫病引起的肝囊肿等。
其中炎症和创伤引起的肝囊肿，如果炎症和创伤程度较轻，病情可以慢慢的治愈，它们所致的肝囊肿也可以逐渐被吸收。
而先天性肝囊肿一般不能自行消失，但是，如果没有引起明显的临床症状，可以不用治疗。
如果囊肿比较大，或囊肿内还有寄生虫，需要及早治疗。