肠系膜囊肿不可以自行消失，如果是感染性囊肿，有可能通过积极的抗炎治疗，囊肿可能会有所缩小，但是完全消失的可能性较小，大部分肠系膜囊肿是不可能自行消失，需要通过手术治疗才能缓解症状。
该疾病有可能会进展较快，导致患者出现肠梗阻，也可能会出现尿路梗阻等症状。因此，一旦明确诊断后需要立即给予手术治疗，最佳的手术方式是进行囊肿的切除手术。
但是，在进行该手术时，需要避免损伤肠道的血液供应，以免导致患者出现肠坏死等等并发症。