卵巢囊肿的性质特别多，所以卵巢囊肿是否会自行消失，这就要根据每个女性的具体情况来判断。
比如女性是出现生理性的卵巢黄体囊肿，通常都会自行消失，而且不会对女性的身体产生不良影响，所以一般在出现以后，不需要做特殊的处理治疗。
但如果女性出现的卵巢囊肿，是由于体内雌性激素刺激而导致，通常没办法自行消失，而且在囊肿超过5厘米的情况下，需要行手术切除。同时对于子宫内膜异位引起的卵巢巧克力囊肿，也不会自行消失，而且会导致进行性加重的痛经表现。