食管囊肿和胃底间质瘤最好的治疗方式是手术治疗，但是每个患者的疾病病情不同，可能手术方式以及手术路径也有所不同。
特别是食管囊肿，如果较大并且有压迫胸腔，造成呼吸道堵塞或者呼吸困难，以及反复的出现呼吸道感染时，需要积极的给予手术治疗。否则有可能会导致患者出现呼吸困难、呼吸衰竭以及窒息，危及患者生命。
部分患者囊肿破裂以后，也可能会引起支气管的扩张或者肺脓肿，危及患者生命。同样胃底间质瘤也需要手术治疗，因为该肿瘤的生长速度较快，有可能会导致患者出现消化道出血以及胃肠道堵塞，引起肠道梗阻的临床表现。