肠镜一般指的是结肠镜，不能检查小肠。如果需要小肠检查，需要通过胶囊内镜、小肠镜、小肠CT造影等检查。
一般肠镜多是指结肠镜，可以对从回盲瓣到肛门的全结肠进行检查，可以对结肠的炎症、溃疡、息肉、肿瘤、血管病变进行诊断，并可以进行内镜下止血、息肉切除等治疗。
但是，小肠是消化道最长的部分，长度约5~7米，要通过胶囊内镜、小肠CT造影检查，初步判断小肠病变的部位和性质。根据检查结果通过经口或经肛进行小肠镜检查，必要时取活检。
小肠镜又分为单气囊或双气囊小肠镜，检查时一般选择经口进行或经肛侧进行。