无痛肠镜检查主要是大肠，并不检查小肠。和普通肠镜的区别在于麻醉方式不同，无痛肠镜采取全麻方式，通过静脉使用丙泊酚等麻醉药物，使患者暂时处于无意识状态，从而完成肠镜检查。
在检查过程中，首先需要将内镜放置到回盲部位，然后一边退镜一边观察肠壁健康状况。如果发现患者存在肠壁病变部位或者息肉病变，可以取得病变组织或者将息肉切除，通过病理检查对患者病情做进一步分析。
所以，无痛肠镜主要检查的是大肠而不是小肠。