无痛肠镜的检查主要就是检查直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠，还有升结肠。另外，对于小肠的末端也可以进行检查，一般是需要越过阑尾的开口观察小肠的末端。
无痛肠镜的检查一般都是，在麻醉的状态下完成的肠镜检查，患者没有疼痛的感觉。在全麻成功以后，通过带有摄像头的软管从肛门口的位置进入，寻肠腔到达回盲部，然后开始退镜进行观察。在直视下了解肠道内部的情况，看是否有炎症性的肠病，看是否有息肉、肿瘤等增生性的疾病。
另外，无痛肠镜的检查过程当中，还具有治疗的功效，如果发现息肉可以进行钳除。