肾结石软管镜取石属于侵入性操作，其具体流程首要给予麻醉减轻操作过程中的痛苦，也有利于手术医生的顺利操作。
达到确切麻醉状态后，膀胱冲洗、消毒，轻柔将软管镜从尿道插入，进入膀胱，寻找到输尿管开口，进入输尿管，上行至结石部位，再对结石进行操作处理。结石处理后，再将软管轻柔退出，整个流程即结束。
结石处理后需要增加饮水，增多尿量，促使细小结石排出，并且对尿道有冲洗作用，有效预防尿道内病菌滋生，降低感染的发生几率。