治疗肾结石的方法很多，需要根据结石的大小、部位、质地、梗阻程度等因素进行评估，从而选择最适合患者的治疗方案。
第一、药物排石，对于直径≤1cm的结石，可先口服药物排石治疗。
第二、体外碎石，适用于直径＜2cm的结石。
第三、经皮肾镜碎石取石术，适合直径≥2cm的肾结石。
第四、输尿管软镜取石术，适用于直径≤2cm的结石。
第五、开放或腹腔镜取石术，主要为上述治疗方法无效的结石，现在已基本不被临床医生采纳。因为创伤比较大，对于复杂的肾结石，包括双肾结石、一侧肾结石合并一侧输尿管结石或者两侧输尿管结石等，可能需要多种方法联合进行治疗。