当患者患有多发性肾结石时，其治疗的目标与单发性肾结石患者相同，都是尽早排出或取出肾结石。所以多发性肾结石的患者同时需要及时到泌尿外科就诊，完善肾脏彩超检查，评估多发性肾结石的大小。综合评估病情后，优先选择对患者创伤较小的治疗方法。
如多发性肾结石有自主排出的可能，则优先选择药物排石等保守治疗的方法。如果患者肾结石直径明显超出输尿管和尿道延展范围，或者经保守治疗失败，则只能选择手术治疗。
此时，体外冲击波碎石治疗是很好的治疗选择。但是由于肾结石较多，可分布于肾脏内各个部位，治疗的区域应根据患者病情相应扩大，治疗时对肾脏造成的创伤也会相应增大。术后需要积极预防并发症的发生。