新型冠状病毒核酸检测可以使用抽血，也可以使用咽拭子的方法。但是新型冠状病毒在体内的病毒血症期间尚短，因此抽血阳性率较低，对于新型冠状病毒核酸检测医院采取抽血的方法很少用。
临床上多采取咽拭子的方法，包括口咽拭子和鼻咽拭子。鼻咽拭子的阳性率还会略高于口咽拭子。选取口咽拭子临床比较常用，患者张口，头后仰，发出啊的声音，护士在其咽后壁及扁桃体取分泌物进行核酸检测，可以刺激患者恶心、呕吐的症状。
鼻咽拭子是将试子插入患者的鼻咽部，取鼻咽部的分泌物进行核酸检测，但患者有鼻中隔偏曲、鼻出血等情况不宜采用。