咽拭子并不等同于核酸检测。咽拭子是为了进一步做细菌培养或病毒分离而采集的一种标本类型，因病毒或细菌入侵呼吸道时容易在呼吸道局部繁殖，此时通过对鼻咽部以咽拭子的形式对其分泌物采集，为下一步的检查做好准备。
咽拭子可以进行细菌的培养，并可以做相关病毒的核酸检测，用于协助诊断感染的致病原。而针对新冠感染的诊断常选择咽拭子进行标本采集做新冠核酸检测，有时临床上对新冠核酸检测简称为咽拭子检查。但两者属于不同的概念、要加以区分。当然除了咽拭子采集标本之外，还可以对被检者采集下呼吸道的分泌物，例如痰液、肺泡灌洗液进行核酸检测。