咽拭子和核酸检测有一定的区别。
进行新冠肺炎病毒核酸检测时可以通过采取咽拭子标本的方式进行检测，而咽拭子检测不仅可以进行新冠肺炎病毒检测，还可以进行其它的细菌、病毒以及真菌等病原体的检测，给咽拭子还可以同时进行细菌药敏实验，以确定对此细菌敏感的抗生素。
咽拭子检测因为采集标本方便，敏感性较高而广泛应用于临床工作中。而新冠肺炎病毒检测最常用是咽拭子标本采集的方式，换句话说咽拭子是核酸检测的方式之一。