流行性出血热的并发症包括继发感染、出血、急性左心衰、肺水肿、急性呼吸窘迫综合征以及抽搐等。对于继发感染的患者，要密切观察患者的体温、脉搏、血压和呼吸变化，及时检查血象，以便早期发现感染病灶。有证据表明预防性使用抗生素可能加重流行性出血热患者的病情，因此除非有明确感染否则不使用抗生素。而抗生素的选择上首选青霉素、头孢菌素等对肾功能损害小的药物，如果已经合并感染尽量根据药敏结果选择抗生素。
流行性出血热少尿期出血最为常见，因出血贯穿整个疾病的始终，应密切监测出凝血指标、血小板，准确判断，有区别地处理。一旦合并大出血，应鉴别出血原因并有针对性地治疗。出现消化道出血应给予质子泵抑制剂。对于流行性出血热患者还会出现急性左心衰和肺水肿，如果出现上述情况，行紧急的血液透析治疗效果较好。出现急性呼吸窘迫综合征可以应用体外膜氧合技术，抽搐最常见的原因是尿毒症和中枢神经系统的并发症。除对因治疗外，可以静脉缓慢推注地西泮后维持，要注意呼吸抑制的情况。