治疗慢性肠炎的药物不存在最好的药物，但是可以选择相对疗效较好的药物，主要有以下几种类型：肠道微生态制剂以及各种抗感染药物，也可以使用水杨酸制剂或者糖皮质激素。
如果用水杨酸制剂效果不好，并且出现了糖皮质激素依赖时，需要使用免疫抑制剂，对于疾病的恢复有较好的作用。
慢性肠炎治疗的目的是控制急性的发作，并且减轻慢性肠炎所引起的不适，避免并发症的发生，除了药物治疗以外，也可以根据患者的个人体质选择合适的中医理疗方法缓解。