拉肚子可以吃的药物有很多，而且药物的选择需要根据疾病的原因以及患者的个人情况决定。每个患者对药物的敏感性不同，可能使用的药物也有所不同，因此在选择用药过程中，首先要明确疾病的病因，并且根据患者的既往用药情况合理选用，可以促进疾病的恢复。
临床当中比较常用的治疗拉肚子的药物，有各种中成药以及西药，比如泻立停、复方黄连素片、鞣酸蛋白、肠炎宁颗粒、肠康片、蒙脱石散等。
部分患者还可能需要使用各种抗感染药物，尤其是明确由病原微生物感染时，加用抗感染药物可以缩短疾病的治疗时间。