胃窦充血水肿可以通过注意饮食、去除病因、对症治疗。
如果出现胃窦黏膜充血、水肿，是属于消化内科方面的疾病，治疗的同时患者应注意清淡饮食，避免刺激性过酸、过甜的食物摄入，同时应避免浓茶、咖啡、烟酒，进食时还需要细嚼慢咽，避免增加胃肠道的负担。同时，还应避免对胃部有损伤的药物，如吲哚美辛、阿司匹林等。
进行胃镜检查的同时，还需要进行碳13、碳14呼气实验检查，确定幽门螺旋杆菌感染，可配合四联疗法根除幽门螺旋杆菌。没有症状的慢性胃炎，可定期随访；出现反酸、腹部疼痛的患者，应给予抑制胃酸、保护胃黏膜的药物治疗。