杀死幽门螺杆菌的药物不存在最好的药物，但是存在相对较好的治疗方式。主要是联合使用抗生素、质子泵抑制剂，以及铋剂治疗。如果单独用上述类型的药物，有可能会使治疗效果欠佳。
临床当中比较常用的是一种质子种泵抑制剂，加上两种抗生素或者一种铋剂加上两种抗生素，大概治疗的时间是一到两周。由于每个地方，每个患者抗生素耐药的情况不同，因此，在食用的治疗疗程上，也需要根据个人情况决定。
在用药过程中，也需要注意个人饮食卫生。