腰窝疼痛可由如下原因引起：
1.腰窝是位于下腰部两侧竖脊肌外缘、髂后上脊上方的两个凹陷，其内正对着第3、4腰椎的两侧。当存在上述阶段腰椎间盘突出，压迫脊髓和两旁神经根时，可出现腰窝疼痛。
另外，第三腰椎横突较其他腰椎横突更长，其上有较多腰肌和韧带附着，容易在反复腰部负荷劳损中产生损伤。伤后局部炎症渗出，引起一侧腰窝位置的疼痛和压痛，称为第三腰椎横突综合征。
2.腰肌劳损。是腰背肌肉、韧带和腰背筋膜在腰部反复负荷中存在拉伤、扭伤等损伤，且损伤没有得到完全恢复，导致间断反复发作，形成腰肌萎缩、筋膜粘连等慢性炎症，可表现为腰窝部位疼痛。
3.腰窝部位两旁紧邻腰下三角，即由背阔肌外缘、腹外斜肌后下缘、髂后上脊上方围成的区域，为腰肌薄弱点，腹内脏器容易疝出该部位引起腰疝造成周围疼痛。另外，如盲肠后位的阑尾炎也可引起腰下三角部位疼痛。因腰下三角与腰窝紧紧相连，故上述疼痛明显的时候可表现为腰窝区域疼痛。