甲状腺肿瘤恶性的可以治疗。对于甲状腺恶性肿瘤，如甲状腺乳头状癌、滤泡状癌，一般恶性程度不是很高，确定后，如无禁忌，应尽早手术治疗。
通常小的甲状腺肿瘤，可以先做个甲状腺穿刺活检，病理确诊后，再次采取手术治疗，术后主要还是需要采取长期的甲状腺素片药物治疗，维持甲状腺功能及预防甲状腺肿瘤复发。
甲状腺未分化癌，恶性程度很高，早期发生远处转移，此类患者，一般不建议手术治疗，可以行碘131内放射治疗。对于晚期无法手术适应症的患者，可以行姑息放疗，缓解患者的症状。