复杂性肛瘘只有通过手术治疗才能治愈。因为复杂性肛瘘有两个或两个以上的内口，或瘘管，或外口，所以手术成功的关键，在于将其所有内口及瘘管都准确找到，并都处理好。
寻找高位复杂肛瘘的瘘管是手术的难点，可通过X线摄片瘘管造影寻找瘘管。即将碘化油或泛影葡胺等造影剂，从肛瘘的外口缓慢注入，等待5分钟之后开始摄片。
因造影剂可显影，在x线下可看到瘘管的深浅、分支及与临近器官的关系。确定好内口及瘘管的位置后就可以行肛瘘切除术、肛瘘切开引流术、肛瘘切开挂线术等治疗。