肛裂导致的疼痛会有周期性，导致产生周期性疼痛的肛裂，大多为慢性肛裂或者陈旧性肛裂。
患者在排便时会出现第一次肛门疼痛症状，是由于排便时粪便刺激肛裂裂口所产生的，排便完成后疼痛会缓解。几分钟后患者会出现第二次肛门疼痛，而且疼痛呈持续性，持续时间长短不一，严重的会持续一整天。第二次疼痛是由于粪便刺激肛门内括约肌引发内括约肌出现痉挛所导致的。类似的疼痛症状在患者每次排便的过程中都会反复发作，称为周期性疼痛。
但并非所有的肛裂都会出现周期性疼痛，例如急性肛裂主要以排便时肛门撕裂样疼痛为主，便后疼痛即能缓解。