尿道口囊肿可通过手术方式切除处理，也可局部激光方式烧灼处理。
较小的尿道口囊肿，对排尿以及性功能无影响，并且无任何伴随症状，也可不做任何治疗处理，做好个体的局部卫生护理即可。经常用温热水清洗处理，避免致病菌滋生而导致囊肿伴随感染。还需要注意不要穿紧身裤子，减轻囊肿的外力挤压而导致不适感觉。
观察到尿道口反复发红以及疼痛等感染症状，可给予头孢类或者是喹诺酮类药物抗炎治疗。感染控制后，可考虑手术方式切除囊肿。