尿道口囊肿大小不同，治疗方法也不一样。
如果尿道口部位的囊肿体积较小，并且也没有其他临床症状，一般不需要进行治疗。应当注意观察，确定囊肿是否有增大的迹象。如果囊肿体积持续增大，引起了一些明显的不适症状，应当考虑进行手术治疗，通过手术对囊肿进行完整的切除。
如果囊肿合并有感染，在术后还应当使用抗菌药物进行治疗，避免感染进一步扩散。在术后也要注意手术切口部位的护理，避免受到过度挤压，也要避免尿液浸湿。在1~2周后，通常会逐渐恢复正常。