消化不良的调理分为一般调理以及药物调理。
一般调理主要是改善患者的个人认知，要认识自身的病情严重程度，改变生活习惯，避免烟、酒、咖啡以及非甾体类药物的摄入，做到饮食睡眠规律，要有积极向上的乐观心态。
药物调理主要给患者使用根除幽门螺旋杆菌感染的抗生素，使用抑制胃酸分泌的药物，以及促进胃肠道蠕动的药物。极少部分的患者还可能需要服用抗抑郁药物，也可能需要联合使用心理疗法等方式促进疾病的缓解，具体情况具体分析。