肥胖症有药物可以治疗，但一般建议非药物治疗控制欠佳的过度肥胖患者，考虑使用减肥药。因为凡是药物，无法避免地会产生不良反应。此外小于18岁的未成年人和70岁以上老年人禁用。
常用的减肥药包括胰脂肪酶抑制剂和中枢神经系统食欲抑制剂，胰脂肪酶抑制剂可通过抑制胰脂肪酶活性，干扰食物中脂肪的分解，抑制机体的吸收过程而减肥，效果良好，不良反应常见的有胃肠胀气等。
而中枢神经系统食欲抑制剂，因存在神经系统不良反应而不常用。