慢性肾盂肾炎的辅助检查，包括血常规、尿液检查、尿细胞计数、尿细菌学检查、肾功能检查以及影像学检查。
血常规检查可以发现红细胞计数和血红蛋白轻度降低，急性发作时白细胞计数和中性粒细胞比例可以增高。尿液检查可以发现白细胞尿、低渗尿、低比重尿。部分患者可以有少量的蛋白尿。若24小时尿蛋白定量>3.0g,提示非本病诊断的可能。
若发现白细胞管型则有助于本病的诊断，但并不是本病的特异性的表现。尿细菌学检查，如果患者慢性肾盂肾炎急性发作时，清洁中段尿细菌培养和急性肾盂肾炎相同，可有真性细菌尿，但阳性率较低，所以一次尿液阴性和细菌培养阴性不能排除慢性肾盂肾炎的可能。一般慢性肾盂肾炎患者无肾功能障碍，晚期则出现不同程度的血清肌酐和尿素的升高。而影像学检查包括静脉肾盂造影、膀胱镜和超声检查。静脉肾盂造影可以见到肾脏体积变小，形态不规则，肾盂肾盏扩张、变钝，肾乳头收缩。排尿性膀胱尿路造影，有些患者可以见到不同程度的膀胱输尿管反流。而超声检查可以显示双肾大小不等，有瘢痕形成，并可以发现结石。