伪膜性肠炎的治疗，首先是需要合理使用抗生素。应该在明确该疾病诊断后调整抗生素的使用，选择针对难辨梭状芽孢杆菌比较有效的抗生素，比如甲硝唑、万古霉素。
其次，需要给予补充丢失的水分电解质，维持酸碱平衡，要加强营养。如果有出现中毒性肠炎以及感染性休克的临床表现时，有可能需要给予手术治疗。
在使用药物治疗过程中要注意观察脉搏、血压、体温、呼吸等的变化。要准确记录出入量，对于液体的补充有帮助，也要注意清淡饮食。