肠结核有可能会发生低位不完全性肠梗阻，也可能会引起结核性的腹膜炎以及腹腔的脓肿、肠外瘘等严重并发症，可以直接危及患者的生命，因此，有肠结核的患者需要积极地使用抗结核的药物，以及对症处理的药物来缓解症状。
出现肠外瘘以及腹腔局限性脓肿症状较为严重时，有可能需要给予手术治疗。 抗结核治疗分为两个时期，包括强化治疗时期以及维持治疗时期。
每个患者对药物的敏感性不同，因此在选择用药方面会存在很大的差异，同时也需要关注药物的副作用。