中枢神经系统莱姆病，主要考虑是由于螺旋体感染引起，临床症状是以神经系统损害为主。主要是以存在脑膜炎、脑炎、颅脑感染或者运动神经炎症比较常见。
常见的临床表现会有存在发热、头痛、恶心、呕吐、关节肌肉疼痛等。会伴有出现脑膜刺激症，偶然可以见到肝脾肿大，甚至有可能会导致神经系统感染或者心脏受累。
在感染宿主到两年之内左右，大部分患者会出现不同的关节疼痛或者滑膜炎等症状。也有可能会表现为皮肤红疹，甚至有可能会导致舞蹈病，出现面瘫、昏迷。也有可能会导致三叉神经痛。