新生儿可以做核磁共振检查。因为核磁共振检查对人体没有辐射，属于一种相对安全的影像学检查方式。而且在神经系统以及软组织方面，有着特别高的敏感性。所以很多新生儿怀疑颅脑问题，一般会首选做核磁共振检查。
但是，做核磁共振检查之前，一般会对新生儿进行镇静处理。因为核磁共振检查的时间比较长，而且需要患者在检查的过程中保持不动，新生儿是很难做到，所以需要在检查前为其镇静。镇静好以后，再由家属陪同新生儿进去检查。而且在检查的过程中，需要测量孩子的体温，保证体温不是高热的状态才可以进行检查。