肛瘘会出现反复发作。由于肛瘘并无法自己痊愈，所以肛瘘的症状会反复发作。
因为肛瘘内口会不间断受直肠内粪便等感染物质的影响，会引发瘘管出现反复的感染。每次感染后瘘管内会积聚脓液等坏死组织，会伴有局部红肿疼痛症状。脓液经外口流出后，疼痛症状就会缓解，瘘管周围组织的炎性水肿也会逐渐消退。
虽然症状暂时消失，但并不代表肛瘘已经痊愈。由于瘘管以及内、外口的存在，后期还是会再次出现急性感染的症状会反复发作。直到患者通过手术将肛瘘瘘管切开或者切除后，才能完全治愈肛瘘。