肛瘘由内口、瘘管和外口组成，外口不断的有脓液溢出。有时外口闭合，脓液不能排出，会出现疼痛，有时外口再次会破溃流脓，反复发作。
脓液还会向周围间隙扩散，会形成新的外口和肛瘘。由一个外口的单纯性肛瘘，演变为多个外口的复杂性肛瘘，给后期手术带来困难，肛瘘长期不治还有恶变可能。
外口流脓还会使肛周潮湿，产生瘙痒和湿疹。反复发作的肛瘘，应该手术治疗。肛瘘只有手术才能根治，保守治疗只会反反复复。