如果不做根治手术，肛瘘是会反复发作的。
肛瘘一般都是继发于肛周脓肿而形成的，当肛窦感染化脓后，形成肛周软组织的脓肿。脓肿破溃流出脓液后，急性炎症转为慢性炎症，之后逐渐形成肛瘘。肛瘘是由一个内溃口和一个或多个外溃口组成，内口与外口之间的瘘管相通。
当进食辛辣、刺激性的食物或肛周卫生差的时候，会引起肛瘘的化脓感染。经保守治疗后，炎症消退，可反复发作。所有的保守治疗方法都是暂时缓解症状，手术是唯一能够根治肛瘘的方法。