肛瘘反复发作只有手术治疗才能治愈。肛瘘由内口、瘘管和外口组成，内口在肛管内肛窦处，是发生肛瘘的原发病灶，只有将内口和瘘管手术彻底切除，创面逐渐愈合，才能治愈。
保守治疗只能暂时缓解症状，还会反复发作，外口间断的流出脓液，有时外口闭合，脓液无法流出，会向周围组织间隙扩散，形成新的肛瘘，由单纯性肛瘘变为复杂性肛瘘，给后期手术带来困难。
肛瘘长期不治疗还有恶变的可能，外口反复流脓，会使肛周潮湿，产生瘙痒和湿疹，所以得了肛瘘一定要及时手术治疗。