确定糖原贮积病可以通过基因检测进行确认。基因检测具有一定的金标准，测试比较多的主要是葡萄糖六磷酸、磷酸酶的基因测试，对于诊断Ⅰ型糖原贮积病有很好的诊断标准。在检测的时候，父母双方同时抽血。糖原贮积病是常染色体隐性遗传性的少见病，也可以通过婴幼儿的临床表现以及其他的实验室辅助检查进行。
婴幼儿出生时，如果出现频发的低血糖、抽搐、神志不清，而喂食或者注射葡萄糖以后就可以缓解。在出现低血糖的同时，有呼吸加快、典型的酸中毒症状，这些都是诊断糖原贮积病的重要线索。
同时，也可以通过酶学或者是肌肉组织、肝脏的活检进行确定。但是，肝脏和肌肉组织的活检损伤比较大，也可以做糖肾上腺素的耐量测试以及胰高血糖素的测试，对于诊断都有一定的帮助。