肠道菌群失调可能会患上肠胃炎，这也是引起肠胃炎比较常见的一种疾病原因。
肠道菌群失调后有可能会导致肠道内的致病菌大量繁殖，导致肠粘膜受损，引起肠胃炎的症状，有可能会出现大便次数的增多、大便颜色的改变。部分患者还可能会出现全身的症状，表现为乏力、精神状态欠佳、食欲下降。少部分患者也可能会出现反复发热的临床表现。
在选择用药上主要是根据疾病的原因，以及患者的临床表现，合理使用止泻药物以及调节菌群功能的药物。