不同的降血糖的药物副作用不同。但是降血糖药物也有共同的副作用，比如低血糖的发生或者过敏、出现皮疹等。
相当一部分的降血糖药物有胃肠道反应，比如双胍类降糖药，如二甲双胍，糖苷酶抑制剂，比如阿卡波糖。
有的降糖药有自己特有的副作用，比如SGLT2抑制剂达格列净、恩格列净等，由于这些药物是从尿中排糖的药物，因此有发生泌尿系感染的副作用风险。胰岛素有增加体重的副作用，GLP1受体激动剂在甘油三酯比较高的情况下有发生胰腺炎的风险。