脚趾甲凹凸不平可能与营养不良有关。
如果长期挑食、偏食，可能会导致体内微量元素以及维生素缺乏，会引起慢性甲营养不良，就会使脚趾甲凹凸不平。在确诊以后应当合理膳食，不要挑食、偏食，保证各种维生素、矿物质以及微量元素的摄入，可能会逐渐改善。
如果脚趾甲部位受到过外伤，会导致指甲局部受损，血液循环变差，在修复的过程当中就会出现凹凸不平的现象。如果患有真菌感染所导致的灰指甲，由于真菌会对脚趾甲造成损害，也会使脚趾甲表面凹凸不平。