脚趾甲如果出现了凹凸不平，还需要根据这种症状的具体原因，进行对症处理。
一般情况下，首先需要进行真菌检查，如果检测出真菌菌丝或者是真菌孢子，就说明患者感染了真菌，所以形成了甲真菌病或者叫做甲癣。所以这时候主要是进行抗真菌治疗，一般是采用口服药物治疗，比如可以口服伊曲康唑，也可以口服特比萘芬等。如果患者的肝功能有异常，也可以采用一定的外用药物治疗，比如可以外涂阿莫罗芬搽剂等。
如果检测出的真菌属于阴性，说明患者的脚趾甲可能会产生甲营养不良症，所以这时候可以根据患者的具体状态，适当的外涂多磺酸粘多糖乳膏等。