指甲盖上凹凸不平，多考虑可能是指甲盖外伤所引起。当指甲盖被重物砸伤后，可导致指甲部位血液供应受阻，由于受伤指甲盖长时间得不到充足血液供应，就会造成甲板异常，出现指甲盖凹凸不平的现象，也可能是由于指甲营养不良所引起。
当机体严重缺乏微量元素或维生素时，容易导致指甲产生慢性营养不良，也会造成指甲盖凹凸不平。
另外，还可能为真菌感染所致，常见于灰指甲，主要是由于指甲部位受到真菌感染。在真菌的刺激作用下，容易导致指甲变形、甲床增厚，还可表现出指甲凹凸不平的现象。