大拇指指甲凹凸不平有很多原因，最常见的原因主要是由外伤等情况造成的。甲床有一定的受损，造成一部分缺失或者引起局部营养不好，从而形成指甲的不平。
其他的原因就是缺乏微量元素，缺乏必要的营养物质尤其是蛋白质、维生素等情况的缺乏，严重消耗性的疾病。如维生素b族缺乏、矿物质缺乏、严重的肝病、糖尿病等，也可以导致指甲凹凸不平。
还有就是指甲感染真菌后，根据真菌侵犯指甲的部位，也可以形成这种指甲改变。引起指甲凹凸不平。