如果大脚趾的指甲凹凸不平，可能是以下几个方面的原因。
第一，是营养不良，营养不良会影响甲床的发育，而甲床为指甲提供几乎全部的血供和养分。
第二，是外伤，如果大拇指此前由于外伤而导致严重的淤血，指甲会重新生长，生长的过程中就会出现凹凸不平的现象，一般一个月左右指甲完全生长好后可恢复正常。
第三，是遗传因素，看一看父母的指甲是否也有同样类似的现象。
第四，是相关的疾病，常见的有缺铁性贫血、梅毒、甲状腺疾病、风湿热、肾功能不全、心脏病和肺病等。
另外还有一些先天发育不良。