中药制马钱子的毒性也是比较大的，中药马钱子经过泡制以后毒性有所降低，但不是消除。
它的毒副作用主要表现为：轻度可导致患者头晕、头痛、舌麻、肌肉抽搐等，此时应立即停药，并送到医院检查治疗，如果剂量再大，可引起全身肌肉强直性收缩痉挛、耳鸣、耳聋、牙关紧闭，甚至会出现破伤风样的苦笑面容。重度的可引起呼吸困难、呼吸肌麻痹，甚至心脏骤停导致死亡。
所以服用马钱子要严格遵守医嘱，一有状况应立即停药。