顽固性便秘的治疗方法有生物反馈治疗、清洁灌肠治疗、手术治疗以及药物治疗，同时也需要结合一般治疗的方式来改善症状。
临床当中首选的治疗方式是一般治疗，包括改变生活方式、改进膳食结构的搭配，并且增加液体的摄入量。
其次，选择药物治疗，可以选择各种泻药以及促进胃肠道的动力药物。手术治疗主要是切除患者的部分结肠，使患者的排便恢复正常，手术治疗时需要准确掌握手术指征。灌肠治疗主要是使用栓剂清洁灌肠，生物反馈治疗是临床当中比较常用的一种理疗方法。