治疗功能性消化不良的主要原则是减轻患者的症状，提高患者的生活质量,是个体化治疗和综合治疗。
一般治疗包括改善生活和饮食习惯，如戒烟和饮酒，注意一些非甾体类抗炎药对胃肠道的损害，必要时进行一些心理干预治疗，包括抗焦虑和镇静治疗，它的药物治疗没有特效药。
一般主要是经验性治疗，包括抗酸药、H2受体拮抗剂、质子泵抑制剂等，以及促动力药，包括莫沙必利或伊托普利，这两种药物可以联合使用或交换使用，此外还有消化药物、消化酶等。