真菌性食管炎的并发症有很多：
1.食管静脉曲张，大多数疾病都有肝脏病史，体格检查显示门脉高压症状，如脾肿大、腹水、腹壁静脉曲张等，无吞咽疼痛，很少有吞咽困难，胃镜显示食管粘膜呈灰蓝色串珠状、蚯蚓状或块状静脉曲张。
2.食管癌，这种疾病发生在老年人身上，主要临床表现为进行性吞咽困难、消瘦、贫血等。
3.其他食道疾病：化脓性食道炎、疱疹性食道炎、食道结核、食道结核患者多为年轻人，影像学表现扩张性好，纤维内镜下食管粘膜本身为炎性浸润和溃疡，活检病理见干酪样肉芽肿，抗酸染色见抗酸杆菌。