病毒性肠炎一般使用抗病毒药物以及保护胃肠黏膜药物，也可以使用口服补液盐或者蒙脱石散等药物缓解症状。
部分患者同时出现了肠道菌群功能失调时，有可能需要口服肠道微生态制剂，调节胃肠道的菌群功能，可以促进疾病的缓解。大部分情况下病毒性肠炎属于一种自限性疾病，一般不需要特殊处理，但是要密切关注患者的大便次数、小便情况以及精神状态。
如果有小便量减少，精神状态欠佳，有出现脱水症状时，需要及时的补充水分以及电解质。